การปกครองของกรุงศรีอยุธยาตลอดระยะเวลาแห่งการเป็นราชธานีอันยาวนาน มีการปรับเปลี่ยนรูปแบบการปกครองแตกต่างกันแต่ละยุคแต่ละสมัย ซึ่งสามารถแบ่งรูปแบบการปกครองได้เป็น 3 ช่วง คือ สมัยอยุธยาตอนต้น สมัยอยุธยาตอนกลาง และสมัยอยุธยาตอนปลาย
สมัยอยุธยาตอนต้น
ในสม้ยนี้เป็นสมัยของการวางรากฐานอำนาจทางการเมืองการปกครอง รวมทั้งเสริมสร้างความมั่นคงของอาณาจักร ซึ่งยังมีอาณาเขตไม่กว้างขวางมากนัก พระเจ้าอู่ทองทรงวางรากานการปกครองไว้ ดังนี้
1.1 การปกครองส่วนกลาง (ราชธานี)
พระมหากษัตริย์แบ่งการปกครองเป็น 4 ส่วน เรียกว่า จตุสดมภ์ ให้แต่ละส่วนมีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
1) กรมเวียง (กรมเมือง) มีหน้าที่ดูแลความสงบเรียบร้อยของราษฎรทั่วราชอาณาจักร เช่น ปราบปรามโจรผู้ร้าย นำตัวผู้ทำผิดมาลงโทษ มีเสนาบดี ตำแหน่ง ขุนเวียง หรือ ขุนเมือง เป็นหัวหน้า
2) กรมวัง มีหน้าที่จัดระเบียบเกี่ยวกับราชสำนัก จัดงานพระราชพิธีต่าง ๆ พิพากษาคดีความของราษฎร มีเสนาบดีตำแหน่ง ขุนวัง เป็นผู้รับผิดชอบ
3) กรมคลัง มีหน้าที่จัดเก็บภาษีอากร จัดหารายได้เพื่อใช้ในการบำรุงราชอาณาจักร รับผิดชอบด้านการเงินและการต่างประเทศ การแต่งสำเภาหลวงออกค้าขาย มีเสนาบดีตำแหน่ง ขุนคลัง เป็นผู้รับผิดชอบ
4) กรมนา มีหน้าที่ดูแลเกี่ยวกับการทำมาหากินของราษฎร เช่น การทำนา ทำไร่ ทำสวน และจัดเตรียมเสบียงอาหารไว้ใช้ในยามศึกสงคราม มีเสนาบดีตำแหน่ง ขุนนา เป็นผู้รับผิดชอบ
1.2 การปกครองส่วนภูมิภาค
เป็นการปกครองหัวเมืองที่อยู่นอกเขตราชธานี ซึ่งมีการแบ่งเมืองเป็นระดับชั้น โดยมีกรุงศรีอยุธยาเป็นศูนย์กลาง
1) เมืองหน้าด่าน (เมืองลูกหลวง) เป็นหัวเมืองที่อยู่รายรอบราชธานีและมีระยะทางไปมาถึงราชธานีได้ภายใน 2 วัน มีความสำคัญในการป้องกันข้าศึกไม่ให้โจมตีถึงราชธานีได้ง่าย พระมหากษัตริย์จะทรงแต่งตั้งให้พระราชโอรสหรือเจ้านายชั้นสูงไปปกครองแทนพระองค์ เพื่อเป็นการแบ่งเบาพระราชภาระด้านการปกครองในสมัยอยุธยาตอนต้นมีเมืองหน้าด่าน
ในสมัยพระเจ้าอู่ทอง โปรดเกล้า ฯ ให้พระราเมศวร ซึ่งเป็นพระราชโอรสไปครองเมืองลพบุรี ซึ่งเป็นเมืองหน้าด่านทางทิศเหนือ และโปรดเกล้า ฯ ให้ขุนหลวงพ่องั่ว ซึ่งเป็นพระเชษฐาของพระมเหสีไปครองเมืองสุพรรณบุรี ซึ่งเป็นเมืองหน้าด่านทางทิศตะวันตก
2) หัวเมืองชั้นใน เป็นหัวเมืองที่ถัดจากเมืองหน้าด่านออกไปอีก เป็นเมืองรายรอบตามระยะทางคมนาคม อยู่ไม่ไกลจากราชธานี สามารถติดต่อถึงกันได้สะดวก หัวเมืองชั้นในมีความสำคัญคือ ในยามศึกสงครามจะนำกำลังทหารมาสมทบพระมหากษัตริย์จะทรงแต่งาตั้งเจ้าเมือง กรมการเมือง และคณะกรมการเมืองไปปกครองโดยขึ้นตรงต่อราชธานี หัวเมืองชั้นในที่สำคัญ มีดังนี้
ทิศเหนือ เมืองาพรหมบุรี อินทร์บุรี สิงห์บุรี
ทิศใต้ เมืองเพชรบุรี
ทิศตะวันออก เมืองปราจีนบุรี
ทิศตะวันตก เมืองราชบุรี
3) หัวเมืองชั้นนอก (เมืองพระยามหานคร) เป็นหัวเมืองที่มีขนาดใหญ่อยู่ห่างจากราชธานีออกไปตามทิศทางต่าง ๆ หัวเมืองชั้นนอกจะเป็นเมืองที่คอยปกป้องดูแลอาณาเขตด้านที่ตั้งอยู่ มีเจ้าเมืองเป็นผู้ปกครองสืบทอดต่อ ๆ กันมา แต่ในบางครั้งเพื่อความมั่นคงของราชธานี พระมหากษัตริย์ก็ทรงแต่งตั้งขุนนางจากกรุงศรีอยุธยาไปปกครอง หัวเมืองชั้นนอกที่สำคัญ มีดังนี้
ทิศเหนือ เมืองพิษณุโลก
ทิศใต้ เมืองไชยา เมืองนครศรีธรรมราช เมืองพัทลุง
ทิศตะวันออก เมืองนครราชสีมา เมืองจันทบุรี
ทิศตะวันตก เมืองตะนาวศรี เมืองทวาย
4) หัวเมืองประเทศราช เป็นเมืองที่อยู่ห่างไกลนอกพระราชอาณาเขต มีการปกครองอิสระแก่ตนเอง ชาวเมืองเป็นชาวต่างประเทศ เมืองเหล่านี้มีรูปแบบการปกครองตามวัฒนธรรมเดิมของตน เจ้านายพื้นเมืองมีสิทธิ์ขาดในการปกครองดินแดนของตน แต่ต้องแสดงตนว่ายอมอ่อนน้อมหรือเป็นเมืองประเทศราช โดยการส่งเครื่องราชบรรณาการมาถวายตามกำหนด เป็นการแสดงความจงรักภักดีเมื่อเกิดศึกสงครามก็ส่งกำลังและเสบียงอาหารมาสมทบกับฝ่ายไทย เมืองประเทศราชในสมัยนี้ ได้แก่ เขมร มอญ มะละกา
